故事紧接着上一集发展，小狗贝多芬和露西终于走到了一起，过上了幸福的生活，露西还为贝多芬生下了四只可爱的小狗，一家人其乐融融。然而，这四只小狗崽却让孩子们陷入了烦恼之中，如果让爸爸知道家里一下子多了这四个小家伙，那还不非得翻了天不可。 虽然挨了老爸一顿臭骂，但善良的布鲁诺先生（凯文·杜恩 Kevin Dunn 饰）还是收留了贝多芬和露西的孩子们，一家人前往宁静的小村开始了悠闲的度假。然而他们并不知道的是，布鲁诺的前妻瑞吉娜（黛比·玛扎 Debi Mazar 饰）早已经盯上了小狗崽们，她想将它们偷到手，卖掉大赚一笔。得知此事的贝多芬率先行动，带领妻儿躲到了山中，瑞吉娜紧随其后。
克里斯蒂安·沃尔夫（本·阿弗莱克 Ben Affleck 饰）具有破解复杂难题的天赋。当一位旧识惨遭谋杀，并留下一条“去找会计师”的神秘讯息后，沃尔夫不得不开始追查此案。当他发现得用更极端手段时，沃尔夫找了他久未连络、同时是名顶尖杀手的弟弟布莱斯顿（乔·博恩瑟 Jon Bernthal 饰）合作。兄弟俩与美国财政部副局长玛莉贝丝·麦迪纳（辛希亚·阿戴-罗宾森 Cynthia Addai-Robinson 饰）联手，一起揭露这桩致命阴谋，却让他们成为冷血杀手集团的目标，这群杀手无所不用其极也要掩盖秘密。
